污染医疗器械的有效清洗是灭菌成功的前提与基础，为提高医疗器械清洗质量，保证灭菌效果，选用含酶清洗剂是保证清洗彻底的前提。酶清洗剂可分为单酶、多酶。单酶清洗剂只含有一种酶，一般为蛋白酶，仅能分解蛋白污物。碱性清洗剂含有复合表面活性剂与多种酶，能够有效去除人体分泌物、干枯的污渍、变性蛋白质等，能够明显提高清洗效果。

酶是具有催化作用的特殊蛋白质，安全性好，效率高。作用于医疗手术器械上的生物负载快速的水解成可溶性小分子，从而被清洗干净。随着手术量的增加，需要及时处理的手术器械/器具的量时非常庞大的，为了加快清洗速度，使用含酶清洗剂可提升清洗效率。