当含有蛋白酶的饲料进入动物胃肠道后，蛋白酶迅速与蛋白质结合，依据自身的特性和作用位点，逐步将蛋白质降解。这一过程大大减轻了动物消化系统的负担，提高了蛋白质的消化率。同时，蛋白酶的作用还能促进其他营养物质如脂肪、碳水化合物的消化吸收，因为小分子肽和氨基酸的产生改善了肠道内的消化环境，增强了肠道的消化功能，使得各种营养物质能够更高效地被吸收利用，从而提高饲料的整体利用率。饲料中常见的蛋白酶有：木瓜蛋白酶、中性蛋白酶、酸性蛋白酶。