目前在市场上常见的蛋白酶有木瓜蛋白酶、碱性蛋白酶、胰酶、中性蛋白酶等，以木瓜蛋白酶及碱性蛋白酶使用最为广泛，以木瓜蛋白酶为例，目前国内的木瓜蛋白酶市场主要以40万、60万、80万、120万4种酶活力为主。它是利用未成熟的番木瓜果实中的乳汁，采用现代生物工程技术提炼而成的纯天然生物制品。具有蛋白酶和酯酶的活性，有较广泛的特异性，对动植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有较强的水解能力。并且各类酶都已经得到了很好的应用，如是动植物蛋白的水解、啤酒饮料澄清剂、嫩肉粉生产、动物饲料开发、保健品等。在食品工业应用中，木瓜蛋白酶可使食品大分子的蛋白质水解成小分子肽或氨基酸，有效转化蛋白质的利用，大大提高食品营养价值，降低成本。

木瓜蛋白酶作为一种广谱型酶制剂，主要用于水解动植物蛋白、制成嫩肉粉、水解大豆蛋白、饼干松化剂、啤酒饮料澄清剂、高级口服液、保健食品、酱油酿造及酒类发酵剂等。目前国内厂家围绕木瓜蛋白酶开发出多种复配酶制剂，如东恒华道公司生产的，以木瓜蛋白酶复配的毛肚生物酶嫩脆剂、鸭肠生物酶嫩脆剂，应用于餐饮食材处理，方便、高效。随着国内外蛋白酶需求量的不断提高以及人们对食品健康安全的重视，木瓜蛋白酶作为一种广谱型酶制剂将占据着越来越重要的位置，其应用及市场前景将会非常广阔。

广西地处亚执带地区，是番木瓜的主要种植产区，据统计广西的木瓜蛋白酶产品量占全国产量的八成以上，已形成了比较完整的产业链。目前木瓜蛋白酶的市场相对稳定，但产品品质层次不齐，主要体现在酶活力没有办法保证，一些企业的木瓜蛋白酶单价便宜，而且非常诱人，但是酶活力不够稳定，产品质量得不到保证，放置一段时间后酶活力逐步下降，给技术、检测和生产增加了成本，降低了生产效率。因此在购买木瓜蛋白酶时，应选择广西及广东一带原料产地的厂家，并且有多年生产经验的企业。