制备大豆低聚肽可用的酶制剂很多，常用的是木瓜蛋白酶、碱性蛋白酶、中性蛋白酶，风味酶，大豆蛋白水解专用酶不同来源的蛋白酶，切位点及作用位点不一样，同一种原料，采用不同蛋白酶得出的酶解效果也不同。