以鳕鱼皮为例，用于制备胶原蛋白肽的酶制剂有很多，但是不同来源的蛋白酶，切位点不同，得到的酶解效果也是不一样的。因为影响酶酶解效果的因素有：酶的种类、酶活性、加酶量、酶解温度、酶解时间、pH值及料水比等。因此，在实际操作过程中，需要根据不同的材料选择合适的酶类型和酶解时间，以保证原材料可以达到较高的酶解水平。

鱼皮水解制备胶原蛋白肽常用的酶制剂有木瓜蛋白酶、碱性蛋白酶、中性蛋白酶、胰酶。木瓜蛋白酶含有212氨基酸的单一多肽，分子量为23KDa，是一种半胱氨酸蛋白酶内切水解酶，多用于嫩肉粉、酵母抽提物、动植物多肽、咸味香精生产；碱性蛋白酶分子量约为27300，是丝氨酸型的内切蛋白酶，多用于咸味香精、动植物多肽、酵母抽提物生产。中性蛋白酶多用于动植物多肽、皮革加工软化脱毛，烘焙降低面团筋度、医药生产；胰酶多用于动物蛋白水解生产高级调味品及食品强化剂。

经实验研究得出，木瓜蛋白酶、碱性蛋白酶是制备胶原蛋白肽使用最广泛的酶制剂，不同来源的蛋白酶，切位位点不一样，得出的酶解效果也不一样得到的多肽、小肽、游离氨基酸等组合不同，造成酶解后的口感和功效的差异。